Population Structure and Genetic Isolation of Quercus skinneri in El Salvador
Roberto Navarro Linares / University of El Salvador / El Salvador / roberto.navarro@ues.edu.sv
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Quercus skinneri, a keystone oak species in El Salvador’s temperate, highland forests, faces conservation challenges due to habitat fragmentation and a lack of genetic studies. We assessed its genetic variability and population structure across three locations: Cerro Verde, Laguna de las Ninfas, and San Vicente Volcano. Using nuclear (ITS2) and plastid (trnH-psbA) barcodes from 19 individuals, we calculated genetic diversity indices, population structure (FST), haplotype networks, and phylogenies. ITS2 revealed high diversity (π=0.01576; Hd=0.90643; 10 haplotypes), while trnH-psbA showed lower diversity (π=0.00519; Hd=0.485; 3 haplotypes). Significant population differentiation emerged: San Vicente Volcano diverged markedly from Cerro Verde and Laguna de las Ninfas (FST=0.79972–1.0), supported by haplotype networks and phylogenies. This suggests isolated evolutionary trajectories, potentially linked to geographic barriers or historical microrefugia. Our findings highlight ITS2’s utility in detecting intraspecific variation and underscore the genetic uniqueness of San Vicente’s population. As the first genetic study of Salvadoran oaks, these results provide critical baseline data for conservation strategies, emphasizing the need to protect divergent lineages.
Versión en español
Estructura poblacional y aislamiento genético de Quercus skinnerien El Salvador
Roberto Navarro Linares / Universidad de El Salvador / El Salvador / roberto.navarro@ues.edu.sv
Quercus skinneri, una especie clave en los bosques templados de altura de El Salvador, enfrenta importantes desafíos de conservación debido a la fragmentación del hábitat y a la falta de estudios genéticos. Evaluamos su variabilidad genética y estructura poblacional en tres localidades: Cerro Verde, Laguna de las Ninfas y el volcán de San Vicente. Utilizando códigos de barras nucleares (ITS2) y plastidiales (trnH-psbA) de 19 individuos, calculamos índices de diversidad genética, estructura poblacional (FST), redes de haplotipos y filogenias. El marcador ITS2 reveló una alta diversidad (π = 0.01576; Hd = 0.90643; 10 haplotipos), mientras que trnH-psbA mostró una diversidad menor (π = 0.00519; Hd = 0.485; 3 haplotipos). Se detectó una diferenciación poblacional significativa: el volcán de San Vicente se separó marcadamente de Cerro Verde y Laguna de las Ninfas (FST = 0.79972–1.0), lo cual fue respaldado por las redes de haplotipos y los análisis filogenéticos. Esto sugiere trayectorias evolutivas aisladas, posiblemente asociadas a barreras geográficas o microrefugios históricos. Nuestros resultados destacan la utilidad del marcador ITS2 para detectar variación intraespecífica y subrayan la singularidad genética de la población del volcán de San Vicente. Siendo este el primer estudio genético de robles salvadoreños, los datos obtenidos constituyen una base crítica para el diseño de estrategias de conservación, enfatizando la necesidad de proteger linajes divergentes.
